秘鲁政府在引渡申请中共例举了12项指控,其中主要包括:藤森在执政期间犯有暗中操纵准军事组织屠杀无辜平民和动用国库资金向前总统顾问、国家情报局总管蒙特西诺斯支付巨额补偿金等罪行。
秘鲁政府还要求智利当局在藤森拘留期届满时拒绝藤森可能提出的保释申请。秘政府认为,一旦藤森获准保释,他极有可能会乘机逃跑。