陈水扁刻意提拔台籍或亲信将领占据军队权力核心，企图借机加紧落实“军权本土化”，加速打造“扁家军”，进而把台军改造成“拒统护独”的重要工具，引起外界高度关注。其无视军队稳定和军中伦理，仅凭个人私欲就全面调整军方高层将领做法，也遭到诸多反对声浪，“立委”林郁方痛批阿扁完全在“瞎搞”，搞得三军高级将领当初“糊里糊涂上台”，如今却“莫名其妙下台”。