陈水扁频繁更换将领，对台军战斗力会造成什么影响呢？有专家指出，这种影响更多是心理上的。因为台军换得比较多的是政务官，即“内阁”成员，但事务官一般比较稳定，这跟日本换内阁的情况相似，各部大臣是内阁成员，但副大臣是公务员，能够保证部门的正常运转。

　　有学者评论：“陈水扁这样搞，只能使台军更不得人心。”由于军中任人唯亲，台军上下厌战、避战情绪十分浓厚。加上陈水扁为加快台军“绿”化速度，经常进行高层人员调动，导致官兵人人自危，形成“无需提升专业水准，只要找到长官后门”的想法，使台军战斗力不断下降。

　　另外，台军的管理十分松散，去年金门军火库两次发生爆炸。而且，现在的台军士兵都是少爷兵。在马祖就有不少“阿兵哥”穿着军装带女朋友逛街。为了争取家长送子女参军，台军不断降低训练强度，甚至制定了33摄氏度以上就不出操、训练的规定。

　　军事专家普遍认为，陈水扁“绿”化台军的过程，实际上是弱化台军的过程。他依靠台军“以武拒统”的如意算盘必定落空，到头来还是搬起石头砸自己的脚。