从目前来看，这些石质文物均受到了不同程度的损伤。专家屈指一数，至少有四大“杀手”。

　　这其中，最大的威胁是风化。浙江省文物局文物处杨新平副处长说，以杭州闸口的白塔为例，在上世纪七八十年代，白塔上的题刻字迹还清清楚楚的，20多年来，由于周边的煤场的粉尘影响，白塔变成了“黑塔”，上面的字迹已经模糊不清了。

　　二号“杀手”是水侵蚀。水流作用使有些石头成了危岩，在飞来峰的半山腰处，一大块岩石断裂砸落在另一尊佛龛前，整个挡住了人们的视线。在一线天处，洞内造像基座被钟乳石覆盖，原先精美的莲花座变得模模糊糊。

　　苔藓树木根系的危害程度可排“老三”。石头遭受日晒雨淋，出现细微裂缝，尘土就随风而至，种子容易在这里发芽，慢慢地石头裂缝就在根系的生长中越扩越大。苔藓也很厉害，由于要进行光和作用，苔藓吸进岩石中的二氧化碳，生成钙质物，加速了岩石的风化。飞来峰一线天入口处上方的岩石如今就像干涸了数年的泥土一样裂开着一道道的口子。

　　当然，人为损害也少不了。普遍的是石像多被香客们常年累月地用香火熏烤，或者被人们视为吉祥而被摸得乌黑发亮。更有甚者，在丽水缙云，有人莫名其妙地用石头砸摩崖石刻……另外，人类活动造成的酸雨对石质文物的损害更是难以测算，这对石像来说，算得上“天灾+人祸”。