2002年11月11日,米洛舍维奇的兄弟鲍里斯拉夫·米洛舍维奇在莫斯科说,米洛舍维奇目前患有严重的心脏病,如果不立即到医院接受治疗,会有生命危险。12日,因高血压和体力不支,米洛舍维奇未能在海牙前南问题国际法庭出庭受审。13日,南联盟议会共和国院通过一项声明,要求前南问题国际法庭允许米洛舍维奇回国治病。
2003年9月23日,塞尔维亚一名特别检察官指控米洛舍维奇策划谋杀塞尔维亚前总统斯坦博利奇,并企图杀害反对派领导人德拉什科维奇。
2003年12月,狱中的米洛舍维奇当选塞尔维亚议员。
2004年8月31日,米洛舍维奇首次正式在前南问题国际刑事法庭上为自己辩护。
2006年1月,俄罗斯表示,鉴于米洛舍维奇的健康状况恶化,如果米洛舍维奇获准前往莫斯科接受治疗,俄政府将保证他在治疗期间遵守前南问题国际刑事法庭提出的有关保外就医的所有要求。但前南问题国际刑事法庭拒绝了米洛舍维奇提出临时到俄罗斯治病的请求。
2006年2月24日,俄国家杜马副主席巴布林说,前南问题国际刑事法庭不允许米洛舍维奇到俄治病的决定与欧洲委员会倡导的人道主义原则相违背,并具有明显的政治色彩。