米洛舍维奇当政期间经历了前南地区冲突最为动荡的１０年。

　　１９９１年，克罗地亚和斯洛文尼亚宣布脱离南斯拉夫联邦独立，米洛舍维奇下令向塞尔维亚和斯洛文尼亚边界地区派遣坦克，双方还一度发生小规模冲突。

　　１９９２年３月，波黑就国家是否独立举行全民公决，波黑穆斯林族和克族赞成独立，塞族抵制投票，此后，波黑三族间爆发了历时三年半的战争。战争期间，各方都有自己的支持者，米洛舍维奇政府支持波黑的塞族武装。１９９５年１１月，在美国的主持下，米洛舍维奇和克罗地亚共和国总统图季曼和波黑共和国总统伊泽特贝戈维奇签署了代顿波黑和平协议，宣告波黑战争结束。

　　１９９８年２月，南联盟政府指责科索沃阿尔巴尼亚族武装分子多次发动暴力袭击，造成大量平民和警察伤亡，随即派遣军队进入科索沃。

　　美国及其盟国指责南联盟在科索沃杀害了大批阿族居民，制造了“人道主义灾难”，并重新恢复对联盟的部分制裁。

　　１９９９年，以南联盟政府拒绝执行西方国家主导的和平协议为由，美国领导的北约随即对南斯拉夫进行了长达７８天的猛烈空袭。同年６月，米洛舍维奇被迫同意接受和平协议，让联合国和北约接管科索沃。

　　２０００年９月，南联盟举行总统选举，米洛舍维奇败选后宣布辞职。

　　２００１年１月，米洛舍维奇被软禁在家中。３月３０日，在当时的南联盟塞尔维亚总理佐兰·金吉奇支持下，警方袭击了米洛舍维奇的住所，想将他逮捕。双方爆发了激烈枪战，逮捕行动陷入僵局。３月３１日深夜，金吉奇派遣自己的亲信、谈判高手切多米尔·约万诺维奇“劝降”米洛舍维奇。米洛舍维奇终于同意主动前往贝尔格莱德的监牢。

　　２００１年６月２８日，米洛舍维奇被南联盟塞尔维亚当局引渡到设在荷兰海牙的前南战犯国际法庭。