对于美国情报机构的上述指责，伊朗政府尚未表态，但是分析人士普遍认为，美国情报机构罗列上述“罪状”的真实性令人怀疑。

　　一名不愿公开姓名的美国反恐部门高级官员说，“基地”组织的领导人大多是强硬的逊尼派，而伊朗则属于什叶派国家。伊拉克战争爆发后，逊尼派和什叶派矛盾加剧。最近几个月来，随着伊拉克的教派矛盾激化，“基地”组织中的逊尼派领导人频频指责伊朗政府支持伊拉克的什叶派武装。这名情报官员说，在这种互不信任的气氛下，双方能否“合作”甚至“结盟”实在令人怀疑。

　　对于庇护“基地”组织成员的指责，伊朗政府曾公开表示，他们已经对这些“基地”组织成员实施软禁和监控，严格限制其行动，但是拒绝将这些“基地”组织成员交给美国当局。

　　和伊朗政府高层关系密切的德黑兰大学政治分析家纳赛尔·哈迪安说，美国政府“误读”了伊朗政府和“基地”组织之间的关系。对于伊朗政府来说，交出这些“基地”组织成员并不是难事，但是伊朗需要合适的交换筹码，这是国际关系中的“游戏潜规则”。美国政府却要求伊朗无条件交出这些“基地”组织成员，自然会遭到德黑兰的拒绝。

　　另一名美国反恐部门官员也承认，美国并没有掌握伊朗政府和“基地”组织结盟的“确凿证据”。目前美国搜集关于伊朗的情报，除了借助卫星监控外，主要依靠其他国家情报人员和伊朗流亡人士提供的情报。这些“二手情报”的真实性令人怀疑。一个最明显的教训就是美国根据“二手情报”发动伊拉克战争，结果陷入狼狈境地。