对于这些不同的声音，方舟子曾在多次媒体采访中表示，打假不可避免地会得罪人，有负面评论是很自然的。打击得越多，得罪的人理所当然也会越多：“例如，在我刚开始打击学术腐败的时候，我的母校中国科大以我为荣，还请我回校演讲，可是等到我也开始揭科大的丑，议论了郭光灿是否有资格当院士，批评了姚雪彪、朱清时的不正当行为，科大师生就有很多人反对我了。骂我的人增多，有可能是直接或间接的利益冲突，有可能是阵营的问题，也有理念的问题，比如我反对‘神创论’，支持‘进化论’，许多基督徒就一直在骂我。又比如我批了几个所谓‘自由主义者’弄虚作假，‘自由主义者’从此就以我为敌，不择手段污蔑我。”

　　方舟子说，对学术问题，不应留有余地，要有一说一，学术本身是是非分明的问题。还有一个问题，厚道要对什么人来说，对普通人可以厚道，对造假的人的厚道是对其他人的不厚道，对卖假药、假保健品的人的厚道是对消费者的不厚道。