●1994年2月，创办世界第一份中文网络创作类电子杂志“新语丝”。

　　●1995年6月，建立国际上最早的中文电子文库之一“新语丝电子文库”。

　　●2000年3月，“新语丝”设立“立此存照”专栏，成为中文网络第一个学术打假网站。至今揭发50多个“假学术”、“假文凭”和学者抄袭剽窃案例。影响较大的有“哈佛最年轻的教授”夏建统事件、“基因皇后”陈晓宁事件、“北航抄袭事件”、吴征假文凭事件、杨雄里院士抄袭事件、王铭铭剽窃事件、汪丁丁事件、清华“十面博士”董关鹏事件、朱苏力招生事件、薛涌事件等等。

　　●2000年6月，出版的《方舟在线》一书，是“国内第一部多学科网上争鸣文集”，引起轰动，获“2000年《Newton-科学世界》杯十大科普好书奖”。

　　●2000年8～9月间，“新语丝”揭发“基因皇后”陈晓宁事件。

　　●2001年1月，揭露“核酸营养”骗局。

　　●2002年4月，与国内基督教人士产生极大分歧，最著名的是针对丁林的批判。

　　●2002年4月，至今未平的“克隆人论战”。方认为，在技术条件成熟的前提下，“并没有一种能经得起推敲的理由禁止克隆人”。

　　●2002年8月，批判“伪纳米”技术。

　　●2002年9月，对朱海军等“民间科学家”发起系列批判。

　　●2002年11月，方批判北大“科学传播中心”是“反科学传播中心”，矛头直指北大科学传播中心吴国盛、刘兵、刘华杰、田松等人。

　　●2003年2月，发布“中医骗子论”。把中医视为“骗子”，从“龙胆泻肝丸”事件到发表《艾滋病拯救得了中医吗？》，为此与中医界人士论战不止。

　　●2005年3月，发生“转基因事件”。就“转基因”产品是否对人类有害，与《中国青年报》记者刘县书展开论战。

　　●2005年4月，云南大学演讲，直击“伪环保”人士。早前和环保人士展开“应否敬畏自然”大争论，方舟子坚持“人类无须敬畏自然”。

　　●2005年10月，中国科学院候选院士、华中科技大学协和医院泌尿外科主任肖传国教授，状告“学术打假人”方舟子名誉侵权。

　　●2005年底，方舟子岁末在网上披露：安徽师范大学常务副校长刘登义伪造论文发表记录。

　　●2006年，指出清华大学医学院院长助理刘辉论文记录造假。