考虑到2005年理科综合能力测试《考试大纲》中的能力要求、考试范围分学科排列的实际，2006年理科综合科《考试大纲》的修订基本上是分学科进行的。

　　把2005年《考试大纲》中的“命题指导思想”更名为“命题要求”，并将“命题要求”的具体内容表述为“要以能力测试为主导，考查考生对所学相关课程基础知识、基本技能的掌握程度和综合运用所学知识分析、解决问题的能力。要重视理论联系实际，关注科学技术、社会经济和生态环境的协调发展；要重视对考生科学素养的考查”。这种改动可使其更符合考试和命题的实际。

　　2006年高考理科综合能力测试的考试形式仍然是闭卷、笔试.，考试时间为150分钟，试卷满分为300分。试卷结构、编排方式与分值分配与2005年基本相同。