随着大会党在尼泊尔选举中获胜，德高望重的柯伊拉腊再次出山，先后两次出任尼泊尔首相。

　　２００１年６月１日，尼泊尔发生震惊世界的王室血案，比兰德拉国王和艾什瓦尔雅王后等１０多名王室成员遭枪击身亡。柯伊拉腊认为发生这样的悲剧，他本人和大会党难辞其咎，于是向新国王贾南德拉递交了辞呈。

　　此后，柯伊拉腊的政治生涯一度陷入低谷。２００２年５月，尼泊尔议会被贾南德拉国王解散。同年６月，尼泊尔大会党党代会鉴于柯伊拉腊不能控制住党内的不稳定局势，决定罢免他所担任的党主席职务。

　　２００５年２月１日，贾南德拉国王宣布解散德乌帕政府，实施全国紧急状态后，柯伊拉腊也被软禁在家中。

　　此次尼泊尔七党联盟举行大规模抗议活动，要求贾南德拉国王“还政”，已经年逾八旬的柯伊拉腊再次成为领军人物。贾南德拉国王２４日宣布恢复２００２年５月被解散的议会，由七党联盟提名首相人选并组阁，柯伊拉腊随即被七党联盟提名为新首相人选。