尽管运河申遗工作已迈出了大步，国家文物局长单霁翔仍然忧心忡忡。前不久，他专门把运河保护的问题罗列了6个。

　　首当其冲的就是保护意识薄弱。他说，运河是与长城齐名的古代工程奇迹，但是长城早就列入世界文化遗产，而运河保护的事，却一直落在世人眼界以外。

　　第二，保护基础工作薄弱。这也就说运河的家底还没有摸清，没有完整的保护方案，很多文化遗存都年久失修了。

　　第三，运河边的城市正在变得越来越像，运河留给城市的印记正在消失。运河城市的特色已经消失，一个城市已经很难找到自己与其他城市的差别。

　　第四，在经济利益的影响下，积淀下来的运河文化正在消失。人为的破坏让大运河的历史风光和自然风光退化和消亡严重，历史遗存正在遭受巨大的损毁。

　　第五，没有有效的管理机制。大运河既是文物也是水道,这就为运河保护增加了难度。因为它的多用途性。它的保护涉及交通、水利、环保、国土、建设、规划、文物多个部门，没有统一有效的管理部门。

　　第六，经费严重不足。目前各级部门投入到运河遗产保护的经费十分有限，经费的捉襟见肘更使文物保护部门力不从心。