国民党与亲民党版的“直航条款”主要对“两岸人民关系条例”中的第28 、第29条作出修正，旧条文中这两条的规定是“台湾的船舶、航空器及其它运输工具，经主管机关许可，如航行至大陆地区，其许可及管理办法，由台湾交通主管部门会同有关机关拟订，报请台湾行政机构核定；如需延长在大陆停留时间，须向台湾立法机构报告备查后，可以延长”。

　　而修改后的“直航条款”的内容是，台湾地区船舶、飞机及其他运输工具，可航行至大陆地区；而大陆地区的船舶，飞机及其他运输工具，得经许可，也可进入台湾地区。修正案还要求删除第30条有关禁止外籍船舶、飞机在两岸港口或机场航行的规定，全面准许外籍运输工具在两岸之间自由通行。