1996年3月,因民进党在台湾地区领导人选举中大败,施明德请辞党主席。1998年,施明德当选第四届台湾民意代表。2000年11月14日,施明德因不满陈水扁上台后的独裁专制,正式宣布退出民进党,成为继许信良之后第二位退出民进党的党主席。