李登辉跟陈水扁的关系，如果从2000年开始算起到现在有6年，这6年中可以说有和有争，有互相对骂，隔空叫骂，也有互相携手共同高喊口号。

　　李登辉把陈水扁当作一个工具，包括“台联党”也是他的工具，李登辉组成“台联党”的时候，就把自己封为所谓“台湾之父”，陈水扁自称“台湾之子”，父子之间就有一个对“台独”势力的掌控问题，在这个过程中，李登辉跟陈水扁的矛盾经常体现在“台独”路线怎么走的问题上。

　　李登辉要推进“台独”，而且2008年之前必须有所作为。陈水扁左摇右晃，李登辉很不满，另外，陈水扁弊案缠身，李登辉认为是给他所谓的“本土政权”蒙羞，连带着他的“台独”路线恐怕都要受到影响，李登辉在这里要跟陈水扁区隔。