陈冯富珍在世界卫生组织任职之前，曾两次受原卫生组织总干事李钟郁邀请出任该组织要职，但她都婉言谢绝了。她说之所以两次谢绝邀请，是为了完成对香港政府的承诺，“我对香港特区政府的承诺就是，我到55岁才退休，所以他们在我退休之前对我说，我感觉对香港政府、对香港市民的承诺我要做完了，我才考虑去参与其他机关的工作”。
2003年香港遭遇非典时，陈冯富珍还是香港卫生署的署长，而且她当时已经超过了55岁的退休年龄。陈冯富珍解释：“我在非典出现之前已经退休了，但特区政府要求我继续呆下去，主要的原因是那个时候中医中药法规和管理的问题还没有做完。所以我就承诺继续呆下去，帮助他们干完这件事。但2003年非典出现了，那个时候忙于处理非典问题。处理完非典之后呢，世界卫生组织总干事李医生要求我参与他的工作。”
如是，直到2003年8月，陈冯富珍正式辞去香港卫生署署长职务后，才接受了世界卫生组织邀请赴世界卫生组织工作，先后出任保护人类环境总监和负责传染病防控事务的助理总干事。正是由于她在处理香港非典危机时表现出的果敢和透明，为她赢得了国际声誉和世界卫生组织的青睐。而第一线从事过对付禽流感和非典的工作经历使她成为了世界卫生组织流感项目的首席官员。
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