尼奥终于意识到自己的能力和使命，在中弹“复活”的同时，他也变成了无所不能的“救世主”。结尾的“飞升”象征着人类超级英雄的诞生：尼奥将带领锡安基地的人民，打响对机器世界的反击战，并将以胜利者的姿态结束这场战斗，还人类以自由之身。

　　尼奥一直在探寻自己使命背后的真相，他要为自己的行动寻找一个可以接受的理由。在打败密探史密斯、救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人翠尼蒂和其他战友一起，乘坐飞船返回地球上最后一个人类据点——锡安基地。在那里，他们和其他自由战士们聚集到了一起，其中包括墨菲斯的甜蜜冤家——奈奥比。另外，基地的政治家们也上场了。

　　就在这时，矩阵系统决定“先下手为强”，派遣了为数250000的电子乌贼大军，开始进攻锡安基地，脆弱的基地防守力量根本不足以对抗如此强大的机甲兵团，看来人类最后的香火也岌岌可危；当然，墨菲斯他们的飞船上有各种各样的资料，自然少不了中国那几本名为《左传》、《史记》之类古籍的电子版本，尼奥他们一下便想到了“围魏救赵”的良策，决定再次潜入矩阵，从内部破坏它，最后达到消灭机甲兵团的目的。同时，尼奥也想再和“先知”谈一谈，以便更多地了解自己的神圣使命……