姆贝基的这些经验为他赢得了广泛好评，他被看作一位温和的政治家。

　　１９９４年，非国大主席曼德拉挑选姆贝基为他的副手。当年，非国大在南非第一次不分种族的大选中获胜，曼德拉当选新南非民族团结政府总统，姆贝基任第一副总统。

　　１９９７年１２月，在非国大第５０届年会上，曼德拉辞去非国大主席职务，姆贝基当选，成为非国大的新一代领导人。１９９９年６月，姆贝基就任南非总统，２００４年４月获得连任。

　　其实，在１９９７年之后，姆贝基已在曼德拉安排下承担起管理国家的主要责任，开始展现他的治国才华。

　　姆贝基被认为是非国大内部重要的一名知识分子，同时人们普遍认为他工作勤奋，完成任务的能力超强。

　　种族隔离制度结束后的新南非，债务减少，通货膨胀率降低，税收增加，人们能够获得更廉价的金融服务，外汇交易管制放松，南非公司开始在国外投资，贸易更加自由，进口税率降低……这些与包括姆贝基在内的南非新领导层的努力密不可分。

　　南非《商业日报》编辑彼得·布鲁斯认为，姆贝基是新南非经济政策的制定者，“这些（经济成就）是他（姆贝基）的杰作。”