1999年,奥巴桑乔参加总统选举,获得压倒性胜利。2003年,他在总统大选中再次以高票当选,连任总统,成为尼日利亚这个非洲人口最多的国家的一把手。
2006年11月3日,奥巴桑乔抵达北京,出席中非合作论坛北京峰会。