1月1日，岛内发生了一件“宪兵”用毛巾捂昏倒扁民众的事件。3日，台军“宪兵司令部”表示，这是一名“宪兵营长”下令进行的，但有“宪兵”却爆料说，营长只是拿来代罪，背后其实有更高层的人。据台湾媒体报道，这名“宪兵”透露，这种说法是把责任完全都推给了营长，但实情却不是这样。

　　

　　据报道，1月1日，台湾当局举行元旦庆典。在陈水扁离开后，一名妇人高喊“陈水扁下台”，立刻被“宪兵”粗暴制止，用毛巾塞住她的嘴巴，拖离现场，导致她当场昏倒送进医院。

　　“倒扁”妇人事后说，他用毛巾塞我嘴巴，不单塞一条，因为塞一条还可以讲“陈水扁下台”，他拼命塞，我受不了，后来我就失去知觉，是怎样到的台大医院我一点都不知道。我只不过说了要陈水扁下台，有必要把我弄成这样子吗？

　　1月2日，这名妇人前往台湾立法机构陈情。国民党籍民意代表痛批近年来台湾“宪兵”在陈水扁宠信之下，该做的不做，不该做的却拼命做，已经变成台军中的大怪兽。

　　国民党民意代表质问说，她影响到你们的安全吗？还好有媒体在场，否则怎样被干掉都不知道。

　　台“宪兵”官员说，我们事实上已经在检讨，对妇人表示道歉。

　　对于士兵用毛巾捂住抗议者口鼻的行为，台湾当局人士强调这纯属个人行为，但国民党民意代表表示无法接受这样的说法，要求台军“宪兵”一星期内交出解释报告。据央视《海峡两岸》