陈水扁办公室对台北地方法院开放“机要费”案卷宗的做法表示不满。陈水扁办公室对外表示，台北地方法院要求陈水扁办公室说明的所谓“机密外交资料”属于最高机密，不得对外公开，他们对台北地方法院的裁定回应说，如果公开“机密文件”伤害到了“台湾的安全和利益”，应对相关人士追究责任。台湾立法机构民进党党团总召集人柯建铭召开记者会反对开放“机要费”案卷宗。