美俄关系的“问题领域”之一，是美国在欧洲的导弹防御系统部署计划。

　　自从美国政府今年年初提出这项计划以来，一直遭到俄罗斯反对。赖斯这次访俄的主要议题之一，是消除俄罗斯对这项计划的不满，向俄罗斯解释反导系统存在的必要，说明这并非针对俄罗斯。

　　美国计划，从２０１２年开始，在捷克境内建立雷达装置，用以监视是否有导弹袭击，同时在波兰境内建立导弹发射装置，部署１０枚拦截导弹。美国称，在欧洲建立这样的反导系统，是为了防范伊朗等国对欧洲发起导弹袭击。

　　然而，俄罗斯认为，美国在捷克和波兰部署导弹装置，就是针对俄罗斯。普京说，伊朗等国没有能力以导弹袭击欧洲，美国在欧洲部署反导系统不仅威胁俄罗斯国防，还影响地区稳定，可能引发新一轮军备竞赛。

　　不顾俄罗斯反对，美国１０日开始与捷克谈判，商讨部署反导系统的有关事宜。

　　俄罗斯对此表现得“毫不示弱”，甚至有意采取报复措施。普京４月２６日发表国情咨文时说，如果美国执意在捷克和波兰部署反导系统，俄罗斯有可能退出《欧洲常规武装力量条约》。

　　《欧洲常规武装力量条约》被誉为“欧洲安全基石”，规定欧洲各国除海军外的常规武器总量、地区限额、国家限额及核查方式等等。

　　１９９９年１１月，俄罗斯等国和北约组织成员国修改了《欧洲常规武装力量条约》部分内容，规定俄罗斯撤出在格鲁吉亚和摩尔多瓦驻军。俄罗斯等国已经批准修改后条约，但尚未完全撤军，北约国家还没有批准新条约。

　　美联社外交记者安妮·吉兰报道说，美俄在部署反导系统问题上分歧巨大，是双边关系恶化的表现之一。

　　她说，美国称反导系统是防止伊朗导弹袭击的“壁垒”，“但在俄罗斯看来，这是西方（对俄罗斯）承诺的破灭，也是美国对自家门口的侵犯，无法接受。”