2000年12月，本田以民主党人身份首次当选国会众议员，从而把揭露日本战争罪行的努力推向全国范围。当选不久，他联手同样来自加州的共和党众议员达纳·罗尔巴克尔，向国会提交议案，要求日本向战争期间遭日本企业奴役的美军战俘作出赔偿。

　　加州议会通过“AJR27”号决议后，本田没有停止对日本战争责任的追究。针对个别日本历史学家试图抹杀“南京大屠杀”的做法，本田决定前往中国南京实地考证。2001年8月，本田率30余名加州政府官员访问南京，掌握了大量有关“南京大屠杀”的第一手资料。

　　本田表示，通过实地考察，他才可以说，“我去过那里，我亲眼见过，我亲耳听闻，我亲身感受”。

　　2004年11月，撰写《南京暴行——被遗忘的大屠杀》一书的美籍华裔作家张纯如在加州身亡，时年36岁。

　　当月17日，本田为张纯如之死发表一篇悼文，刊登在美国《国会记录》上。

　　本田写道，张纯如是一名“无畏的历史学家、亚洲人和亚裔美国人历史的记录者和维护者”，她短暂的一生触动了无数人，揭示了已往处于被遗忘或遭忽视状态的不公正现象和战争暴行。他认为，张纯如写作的动机是求得历史公正，促进不同民族之间的和解。

　　张纯如1997年出版的《南京暴行》一书，依照本田的看法，在让国际社会了解日军在二战期间所犯暴行的过程中“发挥了至关重要作用”，张纯如寻求日方对战争暴行作出赔偿的努力也让她与“日本政府……发生冲突”。

　　作为代表加州、尤其是代表加州亚裔美国人的国会议员，本田在悼文结尾处写道：“我们的社区失去了一个榜样和一位亲密朋友；世界失去了一位对社会和历史公正的最优秀和最热忱的倡导者之一。”