2006年院士大会对《中国科学院院士章程》再次作了修订，将终选阶段“获得赞同票超过投票人数二分之一的候选人当选”改为“获得赞同票不少于投票人数三分之二的候选人，按照本学部的增选名额，根据获得赞同票数依次入选”。此次院士增选实行了这一新方法。

　　2006年修订的《中国科学院院士增选工作实施细则》，还把公示范围确定为：“本单位的有效候选人以及相同专业的外单位的其他有效候选人的相关材料一并公示”，这标志着公示范围进一步扩大。《中国科学院院士增选投诉信处理办法》对投诉信截止日期由原来增选年的8月15日延后至9月15日。另外，为了更准确更客观地评价候选人，在院士增选通信评审阶段还实行了打分制等等。