另一方面，对基金公司内部出现利益输送的担忧一直让专户理财备受争议。

　　就公募基金而言，基金公司只能从持有人身上赚取1.5%的管理费，而且还要经常忍受份额流动和业绩排名压力，而基金公司可以从专户理财客户赚取较高的收益提成，最高可达20%，因此公募基金持有人也表示出专户理财大规模开展后基金公司是否会嫌贫爱富的担忧。

　　如何避免基金公司将公募基金利益向专户理财输送？“主管部门对专户理财一直有争议，主要在于如何在不同基金之间进行有效的风险隔离。”业内一位资深人士表示。“国外公募基金公司只管公募，私募基金只管私募，分开管理，到了国内就混淆在一起了。”在银河证券高级研究员王群航看来，前几年封闭式基金和开放式基金之间的利益输送就没有控制住，现在允许公募基金来管理私募基金，风险太大难防范，因此加强信息披露是解决的最佳手段。

　　就内部控制而言，长城基金创新业务部总经理李贤彬分析，基金公司应该建立一个比较完善的防火墙制度。比如基金公司将专户理财的投资决策人员与公募基金投资决策人员分开、办公场所和投资决策平台分开。最重要的是，公募基金和专户理财要建立一个公平交易制度，公募基金和专户理财账户可以送到一个独立的部门在同一个时间集中完成，按照时间优先、价格优先、公平配置的原则来交易，而不能先公募、再专户理财，或者先专户理财、再公募基金。与此同时，管理层也会建立一个监督平台，对基金公司专户理财的投资决策和买卖时点进行监督管理。