1945年，朝鲜半岛在二次大战后脱离了日本统治，但已分裂成韩国和朝鲜两个国家。孙基祯其后曾担任韩国马拉松项目的教练，他的弟子黄永祚在1992年的巴塞罗那奥运会上获得马拉松赛冠军后，孙基祯才洗却了埋藏在心底几十年的“耻辱”。

　　2002年11月15日，被韩国体育界誉为“马拉松英雄”的孙基祯在汉城病逝，享年90岁。