1950年7月13日出生于香港,祖籍湖南省衡山县,1952年随家人移居台湾。1967年加入中国国民党。1972年台湾大学法律系毕业。后赴美留学,获美国纽约大学法学硕士、哈佛大学法学博士学位。
1982年,马英九出任蒋经国英语翻译。1998年12月当选为台北市市长,2002年12月连任台北市市长。
2005年7月,当选中国国民党党主席。
2007年2月13日,因“特别费”案被台湾“高检署”起诉(后经二审宣判无罪),马英九同日请辞党主席,正式宣布参选2008年台湾地区领导人。
马英九和夫人周美青育有两女,长女马唯中,次女马元中。