5月6日，台湾行政部门副主管邱义仁和对外事务部门负责人黄志芳提出辞呈，他们的辞呈立刻获得批准。邱义仁5日再次被台湾检察部门约谈，约谈后邱义仁被检察部门列为此案的被告，并且被限制出境。

　　据报道，因为不堪连日来的舆论压力，邱义仁和黄志芳分别递交了辞呈，台湾行政主管部门负责人张俊雄立刻批准了他们的辞呈。邱义仁和黄志芳还召开记者会，对辞职做出说明。

　　邱义仁说，身为政务官自应负起政治责任，现在本案由检调进行调查，辞去现职利于司法程序顺当进行，希望早日厘清案情。

　　黄志芳说，身为外事部门负责人深感自责，已经向长官请辞获准，以示负责。

　　另外，台湾“国防部军事发言人”昨晚发布新闻稿表示，“副部长”柯承亨虽多次表示没有直接参与“建交案”，但检调搜查他位于“国防部”的办公室，已经造成“国防部”形象受损，对此柯承亨“深感自责”，因此在下午3点30分提出书面辞呈，“部长”蔡明宪“勉予同意”。