5月6日，台湾检察部门展开搜查行动，包括台湾安全部门、台军指挥机关、台湾对外事务部门以及台湾行政部门副主管邱义仁的住处，台湾对外事务部门负责人黄志芳的住处和台军副主管柯承亨的住处都被搜查。

　　据报道，台湾检察部门在6日上午7点10分抵达黄志芳的住处，但是几次按门铃都被拒于门外，40分钟后，黄志芳住处的大门才打开，让检方到屋内进行搜查。搜查中，检调人员拿着电钻、铁锤等器具进到屋内，似乎是要打开保险箱；2个半小时后，搜查行动结束。黄志芳在搜查结束后出面，但对于案情不愿多谈，仅强调会配合侦办。

　　上午9时，4位检察官进入“行政院”，并在“行政院政风室”主任及副主任陪同下，进入邱义仁办公室搜查，搜查范围包括抽屉、文件及电脑等，检方搜查完毕后离开“行政院”，并未带走办公室内任何文件、资料或物品。