瓮安事件结束后不久，一场整治官场的风暴也开始刮起。

　　事件发生后，贵州省及黔南州的纪检部门便已开始介入调查。6月29日，原县委书记王勤向州委递交了书面检查；第二天，又开始组织县委领导班子“自查”。

　　7月3日，瓮安县委原常委、政法委书记、县公安局政委罗来平和县公安局原局长申贵荣双双被免职。次日，在瓮安县干部大会上，瓮安县委书记王勤、县长王海平被宣布免去党政一切职务。

　　同样在7月3日，贵州省委瓮安“6·28”事件阶段性处置情况汇报会召开。在这次由贵州省委书记石宗源主持的会议上，要求进一步稳定民众情绪；坚决依法追究违法犯罪人员。

　　69岁的退休县长徐银芳在当地以敢于直言著称。7月6日，他在接受记者采访时感慨地说，如果这些干部能听他一些劝说，事情断不会如此恶化。6月26日、27日三天，他曾分别打电话给县委书记和县长，但两人均没有重视此事。