黑龙江流域博物馆分为序馆、自然馆、历史文化馆、民俗馆、民俗演艺馆等5个分馆,目前开放了序馆和自然馆。
据了解,这座博物馆高度浓缩了黑龙江流域的自然、历史、文化变迁。展馆采用声光电等先进技术,以及场景模拟、实景再造等生动布展方式,营造出浓郁的北方民族特色,让参观者从中深刻感受黑龙江流域自然、历史、文化的变迁。