波黑战争期间，卡拉季奇是波黑塞尔维亚共和国总统，而姆拉迪奇是波黑塞尔维亚共和国军队前总司令。从他们的头衔上来看，姆拉迪奇应当是卡拉季奇的得力副手。但事实上，卡拉季奇和姆拉迪奇一直就面和心不和，而姆拉迪奇同米洛舍维奇的关系却十分密切，甚至可以说姆拉迪奇是米洛舍维奇埋藏在卡拉季奇身边的一股重要牵制力量。

　　1995年7月底，海牙前南刑庭已经对卡拉季奇和姆拉迪奇提出起诉，克罗地亚军队开始对位于波萨维纳走廊的克拉伊纳塞族武装发动决定性进攻。7月28日，卡拉季奇宣布波黑塞尔维亚共和国处于战争状态，并命令塞军立即组织反攻，夺回被克罗地亚政府军攻占的地盘。

　　但塞军却并未遵照卡拉季奇的命令去援救孤军作战的克拉伊纳塞军。卡拉季奇虽说是波黑塞族领导人，握有军队最高指挥权，但塞军的实际控制权却牢牢掌握在波黑塞军司令姆拉迪奇的手中。当米洛舍维奇已决意舍弃克拉伊纳时，南联盟塞尔维亚政府军和波黑塞军都不会可怜克拉伊纳塞军。

　　卡拉季奇并不死心。8月4日，卡拉季奇以局势紧张、需要统一领导为由，宣布改组波黑塞军领导体制，亲自出任塞军最高统帅，而将姆拉迪奇改任为波黑塞军和克拉伊纳塞军的特别协调员。然而，姆拉迪奇有米洛舍维奇撑腰，哪肯轻易交出兵权，对卡拉季奇的命令根本不予理睬。卡拉季奇的命令成了一纸空文。克拉伊纳塞控区很快陷落。卡拉季奇第一次公开谴责米洛舍维奇，认为克拉伊纳被米洛舍维奇出卖了。但他很快意识到克拉伊纳固然无法再夺回来了，而自己的地位也已岌岌可危了，于是于8月11日恢复了姆拉迪奇的塞军司令职务。

　　此时的卡拉季奇想到美国前总统卡特也许能再起点作用，于是致信表示美国提出的解决波黑冲突一揽子方案中所提出的版图划分比例可以作为和解谈判的基础。

　　但这次轮到他的敌人暂时不愿意谈判了。从1995年8月29日开始，北约空军对塞军进行历史上规模最大的空袭。9月6日，卡拉季奇呼吁北约立即停止对波黑塞族目标的空袭。他说，北约的所作所为“已使波黑塞族最后认识到，北约的目的是想不断削弱塞族”，并威胁说在此情况下塞族武装不能再从萨市撤走重武器。遗憾的是，“强弩之末不能穿鲁缟”。仗固然已经没有打赢的希望了，就是在不久后进行的代顿和谈中，卡拉季奇也居然像二战时列强签署瓜分捷克的“慕尼黑协定”时在会场外徘徊的捷克代表那样被剥夺了决定自己命运的权利。代顿谈判规定，波黑塞族的3名代表与南联盟塞尔维亚的3名代表共组塞族代表团与穆克两方进行谈判。当塞族代表团意见出现3比3平局时，声称代表塞族整体利益的米洛舍维奇将有一锤定音的权力。米洛舍维奇牺牲波黑塞族利益的主意早已打定，而南联盟3名代表的立场也绝不会出现分歧，这就使3名波黑塞族代表成了装点谈判桌的摆设。