扬子鳄曾分布广泛，从南方一直延伸到黄河流域，后逐渐退缩，最终在长江中下游地区定居。明朝时候，由于扬子鳄俗称“猪婆龙”，犯了皇帝朱元璋的忌讳，再加上有长江大堤因扬子鳄打洞而崩溃的事件，因此遭到大规模捕杀，导致扬子鳄数量急剧下降。但这还不足以让这个顽强的种族濒临灭绝。从上世纪50年代开始，由于人口增加，大量滩涂和沼泽被改造成农田，农药的广泛使用，扬子鳄陷入到濒危的境地。到了上世纪70年代末，在全国范围，野生扬子鳄也已不足500条，而到了2003年，野生扬子鳄不到120条。

　　经过这几年的集中圈养和孵化，如今中国大约圈养了1万余条扬子鳄，主要在位于安徽宣城和浙江长兴的保护区内。现在每年的繁殖数量都在1000条以上，扬子鳄已成为被国际贸易公约批准的第一种可以进行商品化开发利用的受胁动物，有专家称，按照扬子鳄的数量，已经不属于濒危动物的行列。