在任继愈先生的学术道路中，对他影响最深的也许是大学三年级的那次经历。

　　1937年“七七事变”后，北大南迁，任继愈随校辗转至湖南衡山脚下的北大文学院，半年后又迁往设立在云南蒙自县的西南联合大学。当时他21岁。他与240多名北大师生一道，组成湘滇旅行团，从湖南长沙到云南昆明，风餐露宿，徒步跋涉1300多公里，历时两个月。途中，他第一次近距离接触社会最底层民众，目睹了中国农村的破败。与此同时，也深深感受到中国农民的顽强的生命力，而这一切促使他思考：最底层的人民承受着战争的苦难，却依然坚贞不屈；中华民族有非常坚定的信仰，有很强的凝聚力，是什么样的力量在支持她？

　　后来，他在自己带有自传性质的《我的追求》一文中回忆道：“我深信探究高深的学问，不能离开哺育我的这块灾难深重的中国土地。从此，我带着一种沉重的心情来探究中国传统文化和传统哲学。”而这种“沉重之心”也贯注在他一生学术研究之中。他还在另一篇文章中写道：“作为一个中国哲学史的研究者，不了解中国的农民，不懂得他们的思想感情，就不能理解中国的社会；不懂得中国的农民、中国的农村，就不可能懂得中国的历史。”

　　在他一生中，有一件事经常被人提起，但他自己却很少提及。1959年10月13日，毛主席忽然把正在北大哲学系任教的任继愈找去，见面第一句话就是，你的书我都看过。接着说，我们过去都是搞无神论，没有顾得上宗教这个问题，宗教问题很重要，要开展研究。毛主席还问，北大有没有人研究宗教？任说除他搞佛教研究外，还没有人从事这一方面的研究。毛又问到道教、福音书有没有人研究。任如实回答说都没有人专门研究。毛又问：你们哲学系有多少人？任说师生加起来有500人。毛听了说，500人一个系怎么能没有人研究宗教呢？一定要抽出个把人来研究这个问题，不能忽略，包括基督教、佛教、道教，慢慢地来，先做着。

　　根据毛主席的批示，任继愈于1964年受命组建中国社会科学院世界宗教研究所，此后担任该所所长达20余年。