嘉兴南站是沪杭高铁沿线七站中规模最宏大的一站。不同于其他车站只有两层，嘉兴南站共有三层，飞檐高耸，车站前部还有一个类似萧山机场那样一层向二层延伸的坡桥，方便车子接送客人。

　　虽然内部结构类似，且也是黑瓦白墙，但是嘉兴南站的气势比之前几个车站要壮观不少。

　　其他几个车站大多是2个站台4条线，8到10个检票口，嘉兴南站则有4个站台8条线，16个检票口。车站二楼出去就是站台。一楼、三楼是候车厅，为车站的客流压力做出缓解。