一些分析师认为，组建新政府，穆尔西与军方博弈。政治分析师阿卜杜勒－贾瓦德说，穆兄会拉拢自由派人士和其他政治力量的目的之一是“摆脱将军们”。

　　埃及前总统胡斯尼·穆巴拉克去年2月辞职，军方接管国家权力。军方先前承诺，6月30日前把权力移交给新当选总统。然而，总统选举第二轮投票前夕，埃及最高宪法法院裁定，解散由穆兄会控制的人民议会、即议会下院。军方随后发表补充宪法声明，收回立法权，限制总统权力。

　　埃及行政法院26日裁定，中止司法部赋予军方的逮捕平民权力。法院文件指出，“司法部长此前发布命令赋予军警和军方情报人员逮捕权，这一行为违反宪法授予司法部的权力。”

　　分析人士指出，穆尔西当选总统之后，穆兄会与埃及军方的长期对抗将进入新的阶段，而这些都将在政府体制内进行。尽管面对军方的制肋，穆兄会高调抗争，但同时也不得不私底下向军方作出部分妥协。