尽管此次人事变动事前已有风闻，但军系惯例是陆海空三军不会同时动，主要顾虑军系的稳定，所以此次获陈水扁破格重用、上任才一年的“海军司令”陈邦治被撤换，台军内部也感到意外。不过，自去年2月1日陈水扁打破海军惯例，“陆战队司令”出身的陈邦治调升“海军司令”，外界对他的批判与质疑不断，一度让人们对未曾当过兵的陈水扁任用将领的决策作风产生极为负面的评价。

　　此次，被破例提拔为“海军司令”仅一年的陈邦治，因军中反弹声过大，顺势解套转任“总统府”战略顾问。有专家指出，陈邦治“扁家军”色彩极浓，日后再获任要职的可能性不低，仍可视作阿扁用兵的活棋。有媒体甚至说，陈邦治由于是陈水扁的嫡系人马，已内定为台军“参谋总长”接班人，迟早将晋任“一级上将”。