作为“三军统帅”，陈水扁自上台起就想方设法扶植自己人。据台湾媒体调查，陈水扁上台后频繁在军中进行人事调整，一共晋升了约500名将军，占台军将官总数的80%以上。不过，此次调整的最大特点还是这些将官绝大部分都来自陈水扁的嫡系部队，尤其许多人都是前任“海军总司令”陈邦治的亲信。

　　新任“海军司令”林镇夷，是台“国防部长”李杰的嫡系人马，此次委以重任，被视作陈水扁对李杰的用人路线的信任。新任“陆军司令”胡镇埔，系前“国防部长”汤曜明嫡系，被视为陈水扁刻意培植陆军系统和汤系人马，以制衡海军系统。

　　与此同时，当初被质疑发动“柔性政变”的“陆军司令”朱凯生、“空军司令”刘贵立均被释出兵权，转任有职无权的“总统府战略顾问”，等待退休。