新安江水库以清澈澄碧闻名全国，1990年前水库水质各项指标保持在一到二类，但此后由于水库总氮浓度增加了2倍，已超过水环境功能要求，局部库区还发生过蓝藻和水葫芦泛滥。目前新安江流域内环保设施建设滞后，仍有大量污水和面源污染物直接排放。

　　随着水源涵养功能和土壤保持能力的降低，破坏生物多样性，严重影响该区域的生态服务功能，进而影响新安江水库的水生生态系统，最终导致水质的恶化，祸及钱塘江流域。

　　如果不及时加强源头综合治理，不做到预防在先，经过十年、二十年的演变，很有可能重蹈太湖污染的覆辙。为此建议建立新安江流域国家级重点生态功能保护区。