奥巴桑乔1937年3月5日生于尼日利亚奥贡州首府阿贝奥库塔附近的阿戈奥武,是约鲁巴族人。
奥巴桑乔中学毕业后入伍,1960年在联合国驻刚果(金)维持和平部队中服役。1963年任尼日利亚陆军工程兵司令。1965年任野战工程兵司令,同年去印度参谋学院进修。
奥巴桑乔在军队中晋升顺利:1967年7月任陆军第二军区司令,9月任第二师师长;1967年10月至1969年5月任伊巴丹警备部队司令,并担任过第三步兵师师长;1967年至1970年尼日利亚内战期间在东南前线任陆军第三海上突击师师长等职;1970年10月任工程兵部队司令;1973年至1974年到英国皇家国防研究学院受训。
1975年,穆尔塔拉·拉马特·穆罕默德发动军事政变上台。奥巴桑乔并未参与这次政变,但穆罕默德还是任命他为自己的副手。1976年2月,穆罕默德在一次未遂政变中身亡,奥巴桑乔接任国家元首、政府首脑兼武装部队总司令、最高军事委员会主席。
1979年,奥巴桑乔自愿将权力移交给民选总统谢胡·沙加里,成为尼日利亚历史上第一位自愿移交国家权力的领导人。
然而,1983年军队再次夺取政权。当时,已从军队退役的奥巴桑乔既没有参与政变,也不认同政变。
1993年至1998年,尼日利亚处于萨尼·阿巴查独裁统治之下,奥巴桑乔公开批评阿巴查政权无视人权,于1995年遭到监禁。直到1998年6月阿巴查因心脏病突发去世,奥巴桑乔才得以获释。