●2006年7月 民进党“立委”前往“审计部”检举台北市长马英九使用“特别费”涉嫌违法。
●2006年8月 民进党“立委”谢欣霓、高建智、黄伟哲、王世坚与林国庆批评马英九,每年将“特别费”的一半汇入自己账户,挪用具业务费性质的特别费当成生活费。
●2006年8月 马英九表示,全台行政“特别费”的用法都一样,他的“特别费”多做公益用途,且与私人生活费分得很清楚。
●2006年9月 “行政院长”苏贞昌在“立院”答询时明确表示,“特别费”规定行之多年,包括马英九在内,从“副总统”到校长的6500人,不论拨入账户、领支票或现金,只要符合规定,都没有不法,亦无中饱私囊的问题。
●2006年11月 台湾“高检署”查黑中心侦办台北市长马英九“特别费”案,检察官侯宽仁约谈马英九,认为部分核销发票和支出项目不符。
●2006年11月 “行政院主计处”表示,2007年1月1日起,“特别费”的支用将从严规范,全部要检附原始凭证。
●2006年11月 台北市府秘书长李述德举行记者会说,从2003年至今,市长室秘书余文帮马英九核销“特别费”时“贪图作业简便”,用大额发票凑抵小额开销,造成支出与核销名实不相副,共有两千多张小额发票被换成大额发票凑抵核销,总金额近80万元,但所有原始发票都完整保存。
●2007年1月 “特别费”案,让国民党主席马英九心情苦闷,他将市长任内最后一个月的“特别费”余额,悉数退还给市政府。据了解,马英九对亲近人士说,若遭起诉,他不但会辞国民党主席,也考虑放弃竞选2008台湾地区领导人。
●2007年2月 国民党主席马英九接受媒体专访时表示,自始他就认定,经过核销程序进入个人账户的半数特别费是私款,并非公款,而且20多年都是这样做,他并无犯意。
●2007年2月 台北市长“特别费”案侦结,国民党主席马英九被依贪污治罪条例中的“利用职务诈取财物罪”起诉。 据新华社资料