在日本的采访让比尔·古登塔格很吃惊：“拍摄这部电影前，我们有一个非常美好的愿望，以为会有日本士兵在生命的最后一段时间，借这个机会，良心发现，有力量和勇气讲出他们对这段历史的忏悔。”然而，事实上是他在日本的所有采访中，没有一名日本老兵对此表示过忏悔:“我们问过采访到的每一个日本士兵，你们当时在南京的时候，最后悔的事情是什么？一位日本士兵竟回答说：‘南京实在太热了，我们没有水喝。’”

　　《南京》的剧组非常国际化，有中国人、日本人、美国人、德国人，他们之间经常因为观点不同而起争执，但是两位导演从来不会强迫他们统一认识。在日本，他们经常遇到和他们意见不同的人：“有各种各样的人。年轻一代希望知道更多的历史真相，而资深的年长的研究者持反对意见，他们认为在南京什么都没有发生，他们无视，或者轻视这种事实。”

　　剧组同时承担了非常大的压力。很多来自日本的工作人员由于受到来自家庭的压力而退出，比尔说，工作人员以这样的原因退出，在他的电影制作生涯中，还是第一次。而片中有一位日本演员，出生在日本，成长和工作都在美国，即使如此，他在剧组工作一天后博客上就收到了1000多封回复，有侮辱、威胁他甚至他的家庭的，说他是日本的叛徒。

　　尽管如此，比尔·古登塔格依然认为，《南京》不是一部反日电影，而是一部反战电影；他不是为了某种政治目的去拍摄，而是为了要表现：“即使在最黑暗的时刻，即使在大屠杀中，依然能够看到人类的善良和美德。在《南京》这部片子里，你既看到了日军犯下滔天罪行，同时也看到了那些冒着生命危险去帮助别人的人。你能看到最坏的，也能看到最好的。”

　　《双子塔》和《南京》的差异在于：“纽约当时有照相机的人都拍下了灾难的一刻，每个人都看到了。南京恰恰相反，寥寥无几的人目睹了发生的一切。相似的是，在双子塔，你将一个很复杂的很深刻的故事浓缩成一个人的故事，一个家庭的故事。对于南京，这不是某个家庭的故事，这是太多家庭的故事。”

　　他认为，他和张纯如有一点像，“40万人买了她的书，并由此知道了南京大屠杀，我想现在通过电影，上百万人，而不是数十万人，会知道南京大屠杀。我也希望上百万人能够了解这段历史。”