心脏外科是浙江省医学重点学科，中华医学会小儿外科学分会心胸外科学组副组长单位。心脏中心由心脏外科、心血管内科、CICU、体外循环/体外生命支持科、超声科、麻醉科等组成。年开展手术 2000余例，是国内最早开展ECMO技术的单位之一，曾刷新亚洲新生儿ECMO的最小体重记录。建有浙江省先心病救治网络平台，同时运营中国先心病数据库，是欧洲先心病数据库主要成员单位之一和全球 National先心网络成员。学科综合诊疗实力位居全国儿童医院前列。