宫本雄二2004年出任日本冲绳特使。他在担任冲绳特使期间，因对驻日美军“过于软弱”而饱受冲绳民众和右翼势力的攻击，有人甚至在论坛上骂宫本雄二是“卖国贼”。

　　冲绳特使是日本政府为了缓解驻日美军和冲绳居民间的摩擦冲突而特别设立一个国内大使职位。这是一个费力不讨好、两头难做的官职，但宫本雄二凭借着圆滑的外交手段，在冲绳特使期间得到政府的肯定。记者们在他上任第四天就领教了宫本雄二的外交手段：当问到宫本雄二对上任特使否认冲绳居民抗议驻日美军的事有何看法时，宫本雄二只推说“不便对同僚发表评论”、“冲绳人民与美军共同生活60年，什么样的经历都会有”，最后才透露上任特使这么做“有些冒失”。

　　2005年11月，美军在冲绳市内举行城市作战训练。美军轰隆隆的军车在冲绳市内穿行，时不时传出爆炸声，冲绳地区的居民在一份抗议书中写道，美军的突击训练严重危害了冲绳居民的生活，美军制造的爆炸声震耳欲聋，“孕妇和腹中的胎儿都受到惊吓”。一时间冲绳居民不断抗议示威，身为冲绳特使的宫本雄二被夹在美军和居民中间左右为难。

　　面对这种困境，宫本雄二一方面和美军官员展开谈判，争取把城市战军事训练设施拆除，但美军拒绝作出让步，声称日本政府已签署《日本再编协议》，不能反悔，宫本雄二只能尽力拖延；另一方面，他安抚冲绳居民，说“对于美军来说，这样的训练十分必要，我们只能尽量采取容忍的态度。”他说：“这是一个很棘手的问题，要解决不是件容易的事，请让我继续努力找到解决办法。我将密切注意事态发展”。